Nikon D90 è una fotocamera maneggevole, il peso solo corpo è di 620 g e le dimensioni contenute sono associate ad una buona ergonomia. Il risultato è un corpo compatto ma dalla comoda impugnatura, unica pecca in questo ambito è il poco spazio lasciato al dito pollice. Il corpo in plastica antiurto integra degli inserti in gomma antiscivolo nei punti cruciali dove la mano necessità di grip adeguato.
Il dorso della fotocamera è organizzato attorno all'ampio display da 3" e 920.000 punti: a sinistra di quest'ultimo troviamo i pulsanti di revisione, menù, bilanciamento del bianco, ISO e qualità di immagine. In modalità revisione gli stessi pulsanti attivano funzioni secondarie come il livello di zoom e la protezione delle immagini.
A destra dello schermo si trova il joystick di navigazione dei menu, adibito anche alla selezione dei punti di messa a fuoco. Appena sopra il pulsante Lv attiva il live view ed una volta presentato a schermo è possibile scegliere se scattare una fotografia oppure iniziare a registrare un filmato. Sotto il joystick il selettore a due vie blocca la gestione dei punti di messa a fuoco oppure la rende attiva, ancora più in basso il pulsante info, abilita le voci di assistenza a schermo ed il quick menù.
A livello del mirino troviamo a sinistra il pulsante di eliminazione delle immagini, mentre a destra il blocco dell'esposizione/fuoco e la ghiera di selezione dell'esposizione. La spalla destra è occupata dal display lcd retroilluminato che riporta le informazioni essenziali di ripresa, quali modalità esposimetrica, autofocus, numero di scatti residui, bilanciamento del bianco e coppia tempo-diaframma.
Sempre sulla spalla destra sono posizionati i tasti di compensazione esposizione, modalità di scatto e scelta dell'autofocus ed esposimetro, oltre ovviamente il pulsante di scatto. A sinistra la ghiera delle modalità di ripresa. La slitta a contatto caldo sovrasta il flash a scomparsa integrato il cui numero guida è 13.