La ricchezza dei comandi sulla Olympus E-3 sulle prime può lasciare un po' disorientati gli utenti in arrivo dalla fascia entry-level: in particolare la mancanza della ghiera dei modi è il primo scoglio con cui ci si scontra. Le modalità Program, priorità di tempi e diaframmi, manuale sono impostabili tramite la pressione del pulsante posto alla sinistra del pentaprisma e la contemporanea rotazione della ghiera principale (la rotazione della secondaria offre invece la regolazione di raffica e autoscatto). Questa soluzione non è così comoda e immediata come avere una ghiera dedicata, anche se non ci vuole molto a farci l'abitudine.
L'apparente complicatezza nella gestione dei diversi parametri viene in realtà molto semplificata da uno dei marchi di fabbrica di casa Olympus in ambito reflex, la possibilità di agire direttamente sui parametri mostrati sul display, con la semplice pressione del tasto OK e dei pulsanti direzionali. In questo modo sensibilità ISO, bilanciamento del bianco (anche fine su rossi e verdi), profilo colore, nitidezza, contrasto, saturazione, attivazione e compensazione del flash, formato dei file registrati, metodo di misurazione esposimetrica, modalità e selezioni punti autofocus, spazio colore, sono tutti parametri di rapida regolazione. Il display riporta inoltre il numero di scatti rimanenti, il modo di scatto in uso e la lettura esposimetrica (o la compensazione, a seconda del modo di scatto selezionato), oltre alla data.
Il menu principale è raggiungibile attraverso la pressione dell'omonimo pulsante,è organizzato in verticale ed è navigabile sia con i tasti direzionali sia con le due ghiere. La traduzione in lingua italiana è generalmente buona, salvo due grossolani errori, che le reflex Olympus si trascinano dietro fin dalle prime uscite, ossia i metodi di lettura esposimetrica "High Key" e "Low Key" tradotti come 'Tasto Chiaro' e 'Tasto Scuro'. Da citare anche la funzionalità di sollevamento preventivo dello specchio, raggiungibile alla voce 'Antiurto'.
