Fujifilm X-E1 condivide con le sorelle APS-C della famiglia Fujifilm X il caratteri vintage, molto evidente nell'aspetto, ma ancora di più quando le mani vengono in contatto con il metallo con cui è costruito il corpo e con le superfici gommate. La mancanza del complesso sistema del mirino ibrido ha permesso ai tecnici Fujifilm di studiare un corpo più ergonomico rispetto a X-Pro1. Fujifilm X-E1 si impugna in maniera comoda e il posizionamento del mirino elettronico all'angolo in alto a sinistra del retro risulta una soluzione comoda, soprattutto per chi inquadra con l'occhio destro.
La presenza del tasto 'Q' che abilita a display il quick menu è un'innovazione inaugurata con X-Pro1 e che ha trovato, a ragione, utilizzo su tutti i modelli successivi della famiglia, con anche aggiornamenti firmware per i modelli precedenti al fine di dedicare uno dei tasti personalizzabili a tale funzione. Una volta familiarizzato con l'interfaccia risulta una scorciatoia molto comoda per gestire tutti i parametri più importanti dello scatto. Dopo la pressione del tasto 'Q' ci si muove nella griglia di opzioni che appare a menu con il pad direzionale e si possono modificare le impostazioni o attraverso il tasto centrale o direttamente utilizzando la ghiera posteriore.
Chi arriva a Fujifilm X-E1 senza essere mai passato da una fotocamera analogica sulle prime si trova a ruotare furiosamente la ghiera posteriore senza vedere l'indicazione dei diaframma muoversi di uno stop: la ghiera di regolazione dell'apertura si trova infatti sul barilotto dell'obiettivo, laddove è sempre stata prima dell'avvento delle reflex elettroniche prima e digitali poi. Le due ghiere di regolazione (tempi e diaframmi) sono utilizzabili in manuale o regolabili su 'A' per lavorare in semiautomatismo e in automatismo completo.
Fujifilm ha lavorato molto per migliorare la velocità della fotocamera, sia sul fronte dell'autofocus, sia su quello della reattività e della rapidità di scrittura dei file, in particolare i RAW. Si tratta di situazioni in cui la capostipite della serie X, Fujifilm X100, ha attirato molte critiche: X-Pro1 aveva migliorato di molto il comportamento della macchina, senza arrivare però alla piena soddisfazione delle esigenze dei fotografi. Fujifilm X-E1 ha si è mossa ulteriormente in questa direzione, anche se nell'uso quotidiano si nota come, soprattutto sul fronte autofocus, ci sia ancora bisogno di miglioramenti. I miglioramenti apportati a X-E1 sono stati poi riversati in un aggiornamento software per X-Pro1, le due fotocamere dovrebbero quindi su questo fronte equivalersi.
La velocità nella messa a fuoco si avvicina abbastanza ai livelli desiderati dalla maggior parte degli utenti, mentre il tasso di errore, soprattutto in situazioni a basso contrasto, cade ampiamente oltre quanto offerto dai sistemi reflex o dai più evoluti sensori con rilevazione di fase sulla superficie del CMOS. In questo senso le novità offerte da Fujifilm al CES 2012, con l'implementazione della messa a fuoco ibrida fase/contrasto dovrebbero apportare una ventata di novità e riuscire (almeno in parte) a chiudere il gap.